El órgano que dirige la Cofradía es la Junta de Gobierno. Todos los cargos de la Junta de Gobierno son gratuitos, voluntarios y reelegibles.

El Hermano mayor representa a la Cofradía y preside sus actos. Entre sus obligaciones destacan procurar la realización de los fines y actividades de la Cofradía y cuidar de la correcta formación cristiana de todos los hermanos, en colaboración directa con el Consiliario.

El Consiliario es un sacerdote designado por la Autoridad Eclesiástica, a propuesta de la Junta de Gobierno. Es el encargado de velar por la formación espiritual y humana de los miembros de la Cofradía, bendecir e imponer los hábitos y medallas junto al Hermano Mayor y presidir las liturgias, actos religiosos y oraciones de la Cofradía.

El Capítulo General es la asamblea de todos los hermanos, órgano de participación de la Cofradía. Se convocan dos reuniones al año. La primera en fecha anterior y próxima a la Semana Santa. En ella se comunica el programa de actos para su celebración y se somete a ratificación el ingreso de nuevos hermanos.

La segunda reunión tiene lugar en el último trimestre del año y en la misma se da cuenta de los actos celebrados durante la anterior Semana Santa, el estado de cuentas y los presupuestos para el próximo año.